Στις 28 Οκτωβρίου 1940 κηρύσσεται ο ελληνοϊταλικός πόλεμος. Από το Νοέμβριο έως τον Απρίλιο ο Βόλος βομβαρδίζεται 12 φορές από τις δυνάμεις του Άξονα (Ιταλία, Γερμανία) θρηνώντας θύματα και μετρώντας καταστροφές. Η αμηχανία που διαδέχεται την κήρυξη του πολέμου, αλλά και η εθνική ανάταση από τις νίκες των ελληνικών στρατευμάτων στο μέτωπο διακόπτονται από τη συνθηκολόγηση.
Τον Απρίλιο του 1941 τα γερμανικά στρατεύματα παρελαύνουν στο κέντρο του Βόλου. Οι ηττημένοι Ιταλοί αναλαμβάνουν τη διοίκηση της υπό κατοχή πόλης έως και το 1943 που αναλαμβάνουν οι Γερμανοί. Από τους πρώτους μήνες της Κατοχής, η πείνα ανακηρύχτηκε σε μείζονα παράγοντα της θνησιμότητας των κατοίκων αγγίζοντας και τα ευνοούμενα κοινωνικά στρώματα. Οι μισθοί των εργαζομένων μειώνονταν συνεχώς, το χρήμα έχανε την αξία του, εξαιτίας του πληθωρισμού, με αποτέλεσμα οι προμήθειες των προϊόντων να γίνονται κυρίως μέσω ανταλλαγών στη «μαύρη αγορά».
Από το 1942 αρχίσει να οργανώνεται η Αντίσταση, η οποία, εκτός από τον ένοπλο αγώνα, εκφράζεται με μεγάλες παλλαϊκές κινητοποιήσεις, ιδιαίτερα την περίοδο 1943 – 1944.
Ο Βόλος απελευθερώνεται από τη γερμανική κατοχή στις 19 Οκτωβρίου 1944. Το χαρμόσυνο κλίμα δεν διαρκεί πολύ: ο Εμφύλιος πόλεμος διχάζει και καταπονεί τους κατοίκους της πόλης. Πολλοί την εγκαταλείπουν για να γλυτώσουν τις συνέπειες, ενώ άλλοι, με το τέλος του (1949), παίρνουν το δρόμο της φυλακής και της εξορίας.
Ο μετεμφυλιακός Βόλος είναι μια πόλη σε οικονομική ύφεση, καθώς οι περισσότερες βιομηχανίες δεν λειτουργούν. Οι σεισμοί της περιόδου 1955-57 έρχονται να ολοκληρώσουν την καταστροφή της προπολεμικής εικόνας της πόλης, ισοπεδώνοντας ένα μεγάλο μέρος του κτηριακού αποθέματος και των υποδομών της και αφήνοντας χιλιάδες ανθρώπους άστεγους.[:]