Γύρω στα 1990 άρχισε να ωριμάζει στην τοπική κοινωνία και να υιοθετείται από την τοπική αυτοδιοίκηση η ανάγκη για τη δημιουργία μουσείου για την πόλη του Βόλου. Από το 1989 και έως το 2000 ο Δήμος Βόλου αποκτά σταδιακά την πρώην καπναποθήκη Παπάντου και άλλα τρία κτήρια στο οικοδομικό τετράγωνο ΟΤ 49, το οποίο το 1997 χαρακτηρίστηκε ως χώρος για την ανέγερση και λειτουργία του Μουσείου της Πόλης του Βόλου. Η καπναποθήκη Παπάντου κτίστηκε περί το 1920. Όπως και άλλες καπναποθήκες στην πόλη στέγασε μέχρι και την ίδρυση του Συνοικισμού πρόσφυγες από τη Μικρά Ασία. Το έργο της ανακαίνισης του κτηρίου και της ανάπλασης του περιβάλλοντος χώρου ξεκίνησε το 2006 με χρηματοδότηση από το Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Θεσσαλίας και τον Δήμο Βόλου. Τη μελέτη και την επίβλεψη του έργου είχε η Διεύθυνση Τεχνικών Υπηρεσιών του Δήμου Βόλου.
